MySQL4.1系はデフォルトでUTF-8を使うため、ちょっと注意が必要です。
さらにPHPから使う場合もクライアント側の設定が必要だったりします。

EUCで使う場合、UTF8で使う場合において、解説記事を追加しました。

UTF-8用
EUC-JP用

XAMPPなどを使用していてこの問題にお困りの方は参考にしてください。