ActionScript 3.0とPHPを使った独自デザイン＆再利用可能な進捗付きアップローダーの作成例がFlashtutsにて紹介されていました。
次のようなアップローダーのソースコードのダウンロードが出来る上、チュートリアル付きです。

独自にデザインできる、ということでアップロード部分のデザインにも手を入れたいという場合にはかなり使えそうですね。



ボタンのデザインはFlashのタイムライン上で独自にデザインすることが可能です。



ActionScriptのコードについてもそれぞれ解説があって参考になりますね。



PHPのコードがかなりシンプルなので、セキュアに作りたい場合はちゃんと書き換える必要はありそうです。

詳細は以下のエントリを参照してください。
Creating a Reusable Flash Uploader with ActionScript 3.0 and PHP - Flashtuts