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SQLボタンを押して、テキストエリアに
FLUSH PRIVILEGES
とありますが

SELECT * FROM `user` WHERE 1

は削除してしまうのでしょうか？

FLUSH PRIVILEGES
は権限を再度読み込むＳＱＬです。

SELECT * FROM `user` WHERE 1
は削除してしまう？とはちょっと質問の意味が分かりませんのでもう少し分かりやすく書いてください。

こちらのサイトを拝見しPHPに興味を持ち、現在勉強中の身です。

最近、XAMPPをインストールしたのですが、さとぅー様が書かれている「FLUSH PRIVILEGES」でエラーが出てしまいました。

私も「SELECT * FROM `user` WHERE 1」を消して入力するのかと思ったのですが、こちらのサイトにはそのようなことは書かれていなかったのでおそらく改行でもして追加するものなのだろうと思い、そのように処理しました。

するとエラーの表示になり
「#1064 - You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'FLUSH PRIVILEGES
LIMIT 0, 30' at line 1 」

というような文が表示されました。

これはそのままにしていていいのでしょうか?
何か対策を講じなければならないのであればご教授頂きたく、横から書き込みをさせて頂きました。

ダウンロードしたXAMPPのバージョンは1.5.1です。
よろしくお願いいたします。

syntax errorなんですから、単なる文法間違いでしょ。

FLUSH構文
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/flush.html

ｐｈｐｍｙａｄｍｉｎでの設定がわからなくて調べていたらこちらの質問が引っかかりました。
自分の不具合（単なる理解不足）を解決しましたらこちらの回答も出ましたので、
もしかすると解決済みやも知れないですが、書き込みさせていただきます。

先にテキストエリアにあったものを消してから、
何もない状態のテキストエリアに『FLUSH PRIVILEGES』を書き込みました。

タイガさんがエラーになったのは先にある文章を消さなかったから起きたエラーだと思われます。

バージョンは1.6.4ですが、説明のページとほぼ変わらない様子なので、
1.5.1でも同じと思います。

続けてで申し訳ないのですが、
パスワード設定後、ｐｈｐｍｙａｄｍｉｎに入れなくなってしまったようです。
以下エラー文

MySQL サーバに接続しようとしましたが拒否されました。config.inc.php のホスト、ユーザ名、パスワードが MySQL サーバの管理者から与えられた情報と一致するか確認してください
エラー
MySQLのメッセージ: ドキュメント
#1045 - Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)

以上エラー文
何か新たに書き換えるなどしなくてはならないのでしょうか。