PHP ClamaAV Lib is a PHP extension (written in C) that allows to incorporate virus scanning features in your PHP scripts. It uses the Clam Antivirus API (libclamav) for virus scanning. This extension is under development and are supported functions for file scanning and buffer scanning (see functions reference). Since version 0.12 is added a layer of compatibility with the old php_clamav extension.

PHPからウイルススキャニングするPHP用エクステンション。
エクステンションをインストールすれば以下のAPIが利用可能のようです。

string cl_scanfile(string filename);
boolean cl_scanfile_ex(string filename, int options, string virusname, int retcode);
string cl_scanbuff();
int cl_scanbuff_ex(string buffer, int size_buffer, string virusname, int retcode);
string cl_pretcode(int retcode);

アップロードされたファイルをスキャンして、ということが可能になると思いますが、精度の方は分かりません。