JavaScript debugging has some specifics in comparison with stand-alone applications. JavaScript programs usually rely on interaction with the loaded page's Document Object Model (DOM) so errors may be caused by wrong DOM usage in a technically correct script.

JavaScriptデバッグツール集。
様々なJavaScriptデバッグツールが紹介されてます。


（Microsoft Script Debugger)

IE上で動作するもの
Microsoft Script Debugger - ブレークポイントを設定してステップ実行などが可能
SpinTech Javascript HTML Debugger - ブレークポイントを設定してステップ実行などが可能。変数の中身を見れたり書き換えたりも。ブラウザと連携して動作確認。(デモ)
The JavaScript Verifier - ブラウザ上で動作する構文チェッカー

Firefox上で動作するもの
Venkman JavaScript Debugger  - ブレークポイント設定&ステップ実行
FireBug - DOMインスペクタ機能、ブレークポイント設定＆ステップ実行、エラーコンソール

Safari上で動作するもの
Drosera - ブレークポイント設定&ステップ実行

全て使ったことがある訳ではないのですが、JavaScriptのデバッグ時に個人的にオススメなのはFireBugです。
デバッグ機能だけではなく、直接ＨＴＭＬを書き換えたりできるDOMインスペクタや、XmlHttpRequestの動作もトラックできる機能等もかなり便利。