PHPからDBを使うときにはPEAR::DBをお使いの方もまだたくさんいらっしゃると思います。

「まだ、PEAR::DBをお使いの方へ」というITproの記事。
Pear::DB → Pear::MDB2 への移行が以前から推奨されていますが、移行のための、インストール方法と、サンプルプログラムが公開されています。

Pear::DB 自体のバグ修正、セキュリティＦＩＸはまだ行われますが、MDB2の方が速いといったメリットもあるようなので移行を検討しましょう。
使い方は大きく変わるわけではないので、プログラム自体はさほど変えずに移行できるでしょう。